辛亥革命推翻了封建帝制，五四运动中，一批激进的知识分子提出“庙产兴学”运动；同时，一些进步青年学生和教师提出“打倒孔家店”、反帝反封建口号，其中包括对宗教的批判和排斥。此时全国范围内的一些寺庙遭到不同程度的毁坏。九华山区因远离京城，寺庙虽有兴废，但仍保持着佛教名山的格局。

1913年青阳县佛教分会成立，次年易名为九华山佛教会。该会为“本山总机关，由丛寮组织之。性质与地方自治相近。”（1925年姜孝维编著《九华指南》）。其管辖范围，不仅远至上海的庙产和江、浙的寺院庄田，还包括青阳县和九华山区境内的寺庙，并延伸到邻县的部分寺庙，即北至铜陵县大通和悦洲的莲花寺，西北至贵池县的低岭庵（即乐善寺），南至石台县鱼龙洞的观音庵。

此时及稍后一段时期内，北洋军阀政府和南京国民政府的上层人士却给予佛教以关注和支持。19l7年，黎元洪为肉身宝殿、万年禅寺分别题写匾额，并赠给两寺《藏经》各一部；1924年，段祺瑞为祇园寺题匾；1933年，国民党元老于右任为祇园寺大雄宝殿题匾；1937年，蒋介石为乐善寺题词“宣扬佛典”。在国民党上层集团的推崇下，九华山佛教又得以振兴。

20世纪二三十年代，随着香火的旺盛和施主的捐输，寺院经济发展较快，九华山佛教曾有短暂的兴隆。这一时期全山的寺庵仍有15O余座。百岁宫、东崖禅寺、祇园寺、甘露寺、上禅堂、莲花寺、乐善寺等相继发展成为九华山七大丛林，无相寺、慧居寺、旃檀林等重修和扩建，安单接众，也初具丛林规模。1919年后，中闵园一带新建了与僧寺隔离的茅庵、精舍，一批比丘尼入住修行，从而结束了九华山自唐以后长期没有比丘尼的历史。

这个时期，九华山的名僧有：心坚（法华寺住持）、容虚（东崖寺方丈）、月朗（百岁宫住持）、宽扬（祇园寺住持）、果建（无相寺住持）、定慧（东崖寺住持）、义方（天台寺住持），他们弘扬佛法，重视僧伽教育和佛学研究。1929～1934年，容虚倡议并主办“江南九华山佛学院”，为佛教界培养了一批僧伽人才，受到中华全国佛教总会的嘉奖。义方法师在山上研习明版《藏经》8年；容虚法师研究日本佛教，均颇有心得。

在此期间佛教界一些著名高僧先后参访九华山，其中有一代高僧弘一法师、太虚大师，西藏十三世喇嘛土登嘉措，圆瑛法师等人。近代名僧太虚大师于1929年礼谒地藏肉身塔（殿），兼作佛教考察。西藏十三世达赖喇嘛士登嘉措于1931年10月朝礼九华。中华全国佛教总会会长圆瑛于1933年由上海来九华，参加祇园寺授戒法会并充任尊证阿阁黎。近代佛教律学者、著名画家弘一法师于1934年朝礼九华，并为《地藏菩萨垂迹图》题赞（原图12幅，由詹士侯居士绘），后刊印发行。

九华山同国外佛教界亦有交往，继清末高丽贡使赵玉坡居士来山朝礼之后，1933年印度、朝鲜、日本等国均有僧人来九华朝圣、受戒。

1937年7月，抗日战争全面爆发后，江南大部地区沦陷，九华山佛教面临困境。寺院在外地的地租收入锐减，香客稀少，僧人生活窘迫，寺宇失修。1940年日本侵略军进山扫荡，东崖下院、法华寺、九莲庵等6座寺庙被炸毁，一名比丘尼被杀害。政局动荡，九华山佛教元气大伤，香烟冷落，僧尼生活清苦异常。

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